RPGツクールMZ、RPGツクールMVにてテストプレイを起動すると、頻繁にゲームパッドが動作しない問題が発生するケースがあるようです。
どうやら、Steam版で何かの拍子でSteam内ツクールのプロパティを変更すると起こる問題のようです。
下記の方法で解決できたケースがあります。
1.Steamライブラリ -> RPGツクールMZ（MV）を選択 -> プロパティを開く
2.コントローラータブ -> RPGツクールMZのオーバーライドを「デフォルト設定を使用する」に変更する。
※「Steam入力を無効にする」に変更すると解決できたという情報もあります。
